Para cada documento no Monitor Oobj é possível registrar um comentário ou qualquer informação.
Essa opção é apenas para controle interno, não sendo enviado ou compartilhado com a SEFAZ.
A opção Observações do documento pode ser acessada a partir do ícone do canto direito da tela do Monitor, na coluna de Opções:
Veja abaixo um exemplo para NF-e: